Posibles soluciones
Instala PDFToMusicPro abres el PDF, te vas al Menu FILE >>> EXPORT >>> lo guardas en MIDI. Tambien puedes exportarlo como XML, pero este creo que Encore 4.5 no abre los XML, la version 5 si.
Despues este midi lo abres y podras escuchar la partitura.
Problemas: El PDF que abras tiene que estar hecho con un programa de musica, si no, no funciona. Tampoco funciona con JPG
El mejor programa que yo conozco es Neuratron PhotoScore, este abre PDF y JPG, puedes escanear etc... y luego guardar en MIDI-XML-WAW.
Cuando abre el archivo te lo muestra como una partitura y te permite correguir los fallos que se hayan cometido incluso escuchar la partitura.
Si ademas tienes Sibelius instalado puedes abrir este tipo de archivos y hacer los cambios que quieras.
Saludos Musicales